當農產品被驗出農藥超標或未推薦用藥，即違反《農藥管理法》、《食品安全衛生管理法》相關規定，在行政管理面，主管機關將依據相關法規進行調查、要求產品移動管制及處分。在驗證管理面，驗證機構將依據驗證契約暫時停止農產品經營者之驗證資格（農產品經營者無法繼續使用產銷履歷農產品標章）或進行其他適當的處置（如要求回收標章），如情節重大，則可能直接終止驗證。
